根据文件规定，以下四类机构有资格申请：
科研院所：由省、市（州）政府或部门、直属机构举办，经机构编制部门批复成立的事业单位，包括其所属具有独立法人资格的图书馆、研究生院（第二章第二条）。
转制科研院所：根据国办发〔2000〕38号文件转制为企业或进入企业，主要从事科学研究和技术开发的机构（第三章第四条）。
科技类民办非企业单位性质社会研发机构：在省级民政部门登记注册的独立法人，资产总额不低于300万元，专业技术人员占比≥60%且≥20人，符合科技部新型研发机构条件（第四章第六、七条）。
事业单位性质社会研发机构：由省、市（州）政府或部门举办，经机构编制部门批复成立，符合科技部新型研发机构条件的事业单位（第五章第九、十条）。