转请鉴定：主管税务机关对有异议的研发项目向县（市、区）科技部门出具转请鉴定文书，并通知企业提交资料。
组织鉴定：鉴定部门在30个工作日内组织3名以上专家通过会议或网络完成鉴定，必要时可要求补充材料、答辩或现场考察。
出具和反馈意见：鉴定部门出具《鉴定意见书》，通过科技部门反馈至税务机关。
告知结果：税务机关在5个工作日内通知企业鉴定结果，通过的项目需留存备查，未通过的项目需追缴税款及滞纳金。